國立屏東科技大學農企業管理系 (Department of Agribusiness Management) 的前身為屏東農專農業經濟科，創立於1975年，是本校管理學院歷史最久的系。

本校1991年改制為屏東技術學院，本系更名為農業經營技術系，1993年更名為農企業管理技術系，授予管理學士學位。本校1997年改制為國立屏東科技大學，本系隸屬管理學院，並於1998年更名為農企業管理系。本系於1999年成立碩士班，2001年增設碩士在職專班，2004年增設碩士在職專班花蓮班。本系2011年與印尼Brawijaya大學共同開設雙聯學位碩士班，2012年與內埔農校、佳冬農校和農友公司等農企業策略聯盟，攜手開設產學攜手合作專班。2015年協辦國際學院開設農企業管理國際碩士學位學程。2022年開設技優領航專班。目前本系的學制包括：大學部四技、碩士班及碩士在職專班（屏東班、花蓮班）。